Крылов также много работал над разработкой динамических проблем в кораблестроении. Ему принадлежит теория вибрации судов, более того, Крылов внедрил преподавание этой дисциплины для будущих моряков.
В 1908 году Крылов стал главным инспектором кораблестроения, фактически он руководил всей этой отраслью в России. Спустя два года, однако, оставил должность. Как бы то ни было, от судостроения он не отходил. Проекты ученого позволили изготовить целый ряд корабельных приборов, включая дальномеры, оптические прицелы для корабельных орудий, замыкатели для мин заграждения. Все они впоследствии нашли свое применение на флоте.